urodził się 30 października 1853 roku jako syn ówczesnego dyrektora fabryki porcelany C. Tielsch & Co. w Altwasser (Stary Zdrój). „Nie urodziłem się w Arkadii, moją kołyskę otaczał dym z szesnastu pieców do wypału porcelany, […] dorastałem między węglem a skorupami potłuczonej porcelany” – opowiadał o sobie Ernst Bauer. Po uzyskaniu matury we Wrocławiu, potem półrocznej praktyce w zakładzie budowy maszyn Karlshütte w Altwasser studiował inżynierię na Królewskiej Akademii Rzemiosła w Berlinie. W 1876 roku rozpoczął swoją karierę jako ceramik w atelier modelarskim fabryki porcelany Lorenza Hutschenreutera w Selb w Bawarii, w 1877 roku przeniósł się na stanowisko technika w fabryce porcelany braci Hohmann w Oberhausen w Zagłębiu Ruhry, a w 1878 roku wraz ze swoim bratem podjęli się reorganizacji rosyjskiej fabryki porcelany Gorodok w okręgu nowogorodzkim. Po zakończeniu tego zlecenia udał się na krótki pobyt studyjny w Paryżu w siedzibie manufaktury w Sèvres. W 1880 roku podjął pracę jako główny formierz w fabryce porcelany Kister w Scheibe w Turyngii, gdzie pracował aż do otrzymania od Hermanna Ohmego propozycji objęcia stanowiska dyrektora technicznego w jego fabryce.

Ernst Maria Bauer dokonywał pionierskich odkryć na polu techniki. W 1888 roku wprowadził druk kolorowy farbami topliwymi, zaś po roku 1900 druk kolorowy farbami do wypału na ostro. W czerwcu 1894 roku uzyskał patent na zasilany gazem piec kanałowy do wypału porcelany, kamionki, majoliki i szkła. W piecu tego typu wyroby były transportowane na specjalnych wózkach, które wraz ze ścianami kanału tworzyły zamknięte komory przez wszystkie części pieca – od podgrzania, przez wypał do schładzania. System pieca kanałowego, zwanego też tunelowym, został wprowadzony – po raz pierwszy w historii niemieckiego przemysłu ceramicznego – w roku 1906 w fabryce C. Tielsch & Co.
Kiedy w 1900 roku założone zostało zjednoczenie niemieckich fabryk porcelany, do którego należała również fabryka Ohmego, Ernst Maria Bauer znalazł się w gronie pierwszych dwunastu członków jego rady nadzorczej. Uzyskał dożywotni tytuł honorowego członka rady nadzorczej późniejszego Związku Niemieckich Fabryk Naczyń Porcelanowych G.m.b.H (Sp. z o.o.) w Berlinie. Doczekał się uznania dla swoich zasług – zrealizowano m.in. jego pomysł stworzenia towarzystwa dobroczynnego niemieckich fabryk porcelany, którego został pierwszym przewodniczącym i które za cel stawiało sobie działalność dobroczynną na rzecz pracowników przemysłu ceramicznego.

W wieku 68 lat Ernst Maria Bauer wycofał się z zarządzania fabryką Ohmego i osiadł w Jeleniej Górze. Jednak, jako ceniony fachowiec, otrzymał wkrótce zaproszenie do Fraureuth w Bawarii, gdzie wspólnie z synem Martinem Bauerem podjął się budowy dużego pieca tunelowego. Dopiero po ukończeniu tego zlecenia, w styczniu 1925 roku, mógł cieszyć się zasłużoną emeryturą w Jeleniej Górze.
Ernst Maria Bauer zmarł w 1937 roku w wieku 83 lat. Był jednym z najważniejszych inżynierów-ceramików w Niemczech. Jego odkrycia w dziedzinie druku i w wielu innych obszarach znalazły naśladowców w całym przemyśle. Był także sprawnym i uzdolnionym artystycznie modelerem.